Normalisation des comptes

RNA-Seq avec Bioconductor en R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

workflow-normalization

RNA-Seq avec Bioconductor en R

Normalisation des comptes

méthodes de normalisation

RNA-Seq avec Bioconductor en R

Normalisation par profondeur de bibliothèque

méthodes de normalisation

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Effet de composition de la bibliothèque

Composition ARN - normalisation

RNA-Seq avec Bioconductor en R

Normalisation DESeq2

exemple : médiane des ratios

RNA-Seq avec Bioconductor en R

Comptes normalisés : calcul

dds_wt <- estimateSizeFactors(dds_wt)

sizeFactors(dds_wt)

facteurs de taille

RNA-Seq avec Bioconductor en R

Comptes normalisés : extraction

normalized_wt_counts <- counts(dds_wt, normalized=TRUE)

View(normalized_wt_counts)

comptes normalisés

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Passons à la pratique !

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