Analyse d'expression différentielle

RNA-Seq avec Bioconductor en R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

DESeq2

RNA-Seq avec Bioconductor en R

Analyse d'expression différentielle : vignette DESeq2

vignette(DESeq2)

Vignette DESeq2

RNA-Seq avec Bioconductor en R

Exploration de la vignette

RNA-Seq avec Bioconductor en R

Workflow DESeq2

RNA-Seq avec Bioconductor en R

Importer des données pour DESeq2

# Read in raw counts
wt_rawcounts <- read.csv("fibrosis_wt_rawcounts.csv") 
View(wt_rawcounts)

Comptages bruts fibrosis wt

RNA-Seq avec Bioconductor en R

Importer des données pour DESeq2 : métadonnées

# Read in metadata
wt_metadata <- read.csv("fibrosis_wt_metadata_unordered.csv") 
View(wt_metadata)

Métadonnées fibrosis wt

RNA-Seq avec Bioconductor en R

Passons à la pratique !

RNA-Seq avec Bioconductor en R

Preparing Video For Download...