Résumé de l'analyse d'expression différentielle RNA-Seq

RNA-Seq avec Bioconductor en R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

flux de travail

RNA-Seq avec Bioconductor en R

Préparation RNA-Seq

RNA-Seq avec Bioconductor en R

CQ

RNA-Seq avec Bioconductor en R

Flux RNA-Seq : Contrôle qualité des données brutes

Contamination des séquences

RNA-Seq avec Bioconductor en R

Alignement

RNA-Seq avec Bioconductor en R

Flux RNA-Seq : Alignement

Alignement2

RNA-Seq avec Bioconductor en R

Quantification

RNA-Seq avec Bioconductor en R

Flux RNA-Seq : Quantification

comptages

RNA-Seq avec Bioconductor en R

Flux complet

RNA-Seq avec Bioconductor en R

Préparation à l'analyse d'expression différentielle : objet DESeq2

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = rawcounts,
                        colData = metadata,
                        design = ~ condition)

données de comptage

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Passons à la pratique !

RNA-Seq avec Bioconductor en R

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