Workflow RNA-Seq

RNA-Seq avec Bioconductor en R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

Workflow RNA-Seq : plan d'expérience RNA-Seq

  réplicats biologiques

  • Réplications techniques : variation technique généralement faible ; souvent inutiles.

  • Réplications biologiques : essentielles pour l'analyse d'expression différentielle RNA-Seq. Plus il y en a, mieux c'est ; a minima 3.

  • Effets de lot : à éviter autant que possible, et consigner toutes les variables expérimentales.

RNA-Seq avec Bioconductor en R

workflow

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Préparation RNA-Seq

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QC

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Workflow RNA-Seq : contrôle qualité

Qualité des séquences

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Alignement

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Workflow RNA-Seq : alignement

Alignement sur le génome

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Quantification

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Workflow RNA-Seq : matrice de comptage

wt_rawcounts <- read.csv("fibrosis_wt_rawcounts.csv")

Matrice de comptage

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Workflow complet

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exemple de résultats

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Workflow complet

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À vous de jouer !

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