Analyses de clustering non supervisées

RNA-Seq avec Bioconductor en R

Mary Piper

Instructor

Flux DESeq2 - QC

RNA-Seq avec Bioconductor en R

Analyses de clustering non supervisées : transformation log

vsd_wt <- vst(dds_wt, blind=TRUE)
RNA-Seq avec Bioconductor en R

exemple de carte thermique

RNA-Seq avec Bioconductor en R

Clustering hiérarchique avec cartes thermiques de corrélation

# Extraire la matrice vst de l'objet
vsd_mat_wt <- assay(vsd_wt) 
# Calculer les corrélations par paires
vsd_cor_wt <- cor(vsd_mat_wt) 
View(vsd_cor_wt)

matrice de corrélation

RNA-Seq avec Bioconductor en R

Clustering hiérarchique avec cartes thermiques de corrélation

# Charger les bibliothèques pheatmap
library(pheatmap) 

# Tracer la carte thermique
pheatmap(vsd_cor_wt, annotation = select(wt_metadata, condition))
RNA-Seq avec Bioconductor en R

Clustering hiérarchique avec cartes thermiques de corrélation

carte thermique wildtype

RNA-Seq avec Bioconductor en R

Passons à la pratique !

RNA-Seq avec Bioconductor en R

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