Pourquoi s'intéresser aux motifs ?

Introduction à Bioconductor avec R

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

motifs de séquence

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Que peut-on trouver avec des motifs ?

  • Début de gène
  • Fin de protéine
  • Régions qui activent ou inhibent l'expression génique
  • Régions conservées entre organismes
  • Variations génétiques
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Appariement de motifs

  • Biostrings fournit des fonctions d'appariement de motifs

  • matchPattern(pattern, subject)

    • 1 chaîne vers 1 chaîne

  • vmatchPattern(pattern, subject)

    • 1 ensemble de chaînes vers 1 chaîne
    • 1 chaîne vers un ensemble de chaînes
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Palindromes

jamais pair ni impair

findPalindromes() # trouver des régions palindromiques dans une séquence
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Une biologie connue

  • Le code génétique a été décrit pour la première fois par Nirenberg en 1963 On the coding of genetic information Nirenberg, Marshall et al. Cold Spring Harb Symp Quant Biol 1963, 28

  • La façon dont la traduction varie selon le cadre de lecture a été décrite par Streisinger en 1966 Frameshift Mutations and the Genetic Code Streisinger, George et al. Cold Spring Harb Symp Quant Biol 1966, 31 : 77-84

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# Original dna sequence
[1]    30 ACATGGGCCTACCATGGGAGCTACGAAGCC

# 6 possible reading frames, DNAStringSet
[1]    30 ACATGGGCCTACCATGGGAGCTACGAAGCC             + 1     
[2]    30 GGCTTCGTAGCTCCCATGGTAGGCCCATGT             - 1     
[3]    29  CATGGGCCTACCATGGGAGCTACGAAGCC             + 2     
[4]    29  GCTTCGTAGCTCCCATGGTAGGCCCATGT             - 2     
[5]    28   ATGGGCCTACCATGGGAGCTACGAAGCC             + 3     
[6]    28   CTTCGTAGCTCCCATGGTAGGCCCATGT             - 3

# 6 possible translations, AAStringSet
[1]    10 TWAYHGSYEA                                 + 1     
[2]    10 GFVAPMVGPC                                 - 1     
[3]     9 HGPTMGATK                                  + 2
[4]     9 AS*LPW*AH                                  - 2
[5]     9 MGLPWELRS                                  + 3
[6]     9 LRSSHGRPM                                  - 3
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Régions conservées du virus Zika

blocs zika Figure adaptée From Mosquitos to Humans: Genetic Evolution of Zika Virus Wang, Lulan et al. Cell Host & Microbe 2016, vol. 19 5 : 561-565

Faits

  • Le virus Zika a un génome à brin positif
  • Il infecte humains, singes et moustiques
  • Famille des Flavivirus ; 11 protéines conservées
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Passons à la pratique !

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