Gestion des séquences

Introduction à Bioconductor avec R

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

Unique vs. Ensemble

 

  • XString pour stocker une seule séquence
    • BString pour toute chaîne
    • DNAString pour l'ADN
    • RNAString pour l'ARN
    • AAString pour les acides aminés

 

  • XStringSet pour plusieurs séquences
    • BStringSet
    • DNAStringSet
    • RNAStringSet
    • AAStringSet
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Créer un StringSet et l'aplatir

# Lire la séquence comme un ensemble
zikaVirus <- readDNAStringSet("data/zika.fa")

length(zikaVirus)  # l'ensemble contient une seule séquence
width(zikaVirus)   # et une largeur de 10794 bases

1
10794

# Aplatir la séquence
zikaVirus_seq <- unlist(zikaVirus)


length(zikaVirus_seq)

width(zikaVirus_seq)

10794

Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function 'width' for signature '"DNAString"'
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D'une séquence à un ensemble

# créer un nouvel ensemble à partir d'une séquence unique
zikaSet <- DNAStringSet(zikaVirus_seq, start = c(1, 101, 201), end = c(100, 200, 300))
zikaSet

DNAStringSet object of length 3:
    width seq
[1]   100 AGTTGTTGATCTGTGTGAGTCAGACTGCGACAGTTCGAGTCTGAAG...AACAACAGTATCAACAGGTTTAATTTGGATTTGGAAACGAGAGTTT
[2]   100 CTGGTCATGAAAAACCCCAAAGAAGAAATCCGGAGGATCCGGATTG...CTAAAACGCGGAGTAGCCCGTGTAAACCCCTTGGGAGGTTTGAAGA
[3]   100 GGTTGCCAGCCGGACTTCTGCTGGGTCATGGACCCATCAGAATGGT...TACTAGCCTTTTTGAGATTTACAGCAATCAAGCCATCACTGGGCCT

length(zikaSet) 
width(zikaSet)

3
100 100 100
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Séquence complémentaire

ATGATCTCGTAA

a_seq <- DNAString("ATGATCTCGTAA")
a_seq

Objet DNAString de 12 lettres
seq: ATGATCTCGTAA

complement(a_seq)

Objet DNAString de 12 lettres
seq: TACTAGAGCATT
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Inverser une séquence (rev)

zikaShortSet

Instance DNAStringSet de longueur 2
width seq                          names      
[1]    18 AGTTGTTGATCTGTGTGA        seq1
[2]    18 CTGGTCATGAAAAACCCC        seq2

rev(zikaShortSet)

 Instance DNAStringSet de longueur 2
width seq                          names      
[1]    18 CTGGTCATGAAAAACCCC        seq2       
[2]    18 AGTTGTTGATCTGTGTGA        seq1
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Renverser une séquence

zikaShortSet

 Instance DNAStringSet de longueur 2
width seq                          names      
[1]    18 AGTTGTTGATCTGTGTGA        seq1
[2]    18 CTGGTCATGAAAAACCCC        seq2

reverse(zikaShortSet)

 Instance DNAStringSet de longueur 2
width seq                          names    
[1]    18 AGTGTGTCTAGTTGTTGA        seq1
[2]    18 CCCCAAAAAGTACTGGTC        seq2
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Complément inversé

# Séquence rna_seq d'origine
Objet RNAString de 8 lettres
seq: AGUUGUUG

reverseComplement(rna_seq)

Objet RNAString de 8 lettres
seq: CAACAACU

# Utiliser deux fonctions ensemble
reverse(complement(rna_seq))

Objet RNAString de 8 lettres
seq: CAACAACU
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unlist length width complement rev reverse everseComplement

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Passons à la pratique de la gestion des séquences !

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