Ingénierie des variables et surapprentissage

Concevoir des workflows de Machine Learning en Python

Dr. Chris Anagnostopoulos

Honorary Associate Professor

Extraction de variables à partir de données non tabulaires

L'ECG d'un seul patient est généralement enregistré sur papier sous forme de série temporelle.

arrhythmias.head()

   age  sex  height  weight  ...    chV6_TwaveAmp  chV6_QRSA  chV6_QRSTA  class
0   75    0     190      80  ...              2.9       23.3        49.4      0
1   56    1     165      64  ...              2.1       20.4        38.8      0
2   54    0     172      95  ...              3.4       12.3        49.0      0
3   55    0     175      94  ...              2.6       34.6        61.6      1
4   75    0     190      80  ...              3.9       25.4        62.8      0

Encodage d'étiquettes pour les variables catégorielles

numpy.unique(credit_scoring['purpose'])

array(['business', 'buy_domestic_appliance', 'buy_furniture_equipment',
       'buy_new_car', 'buy_radio_tv', 'buy_used_car', 'education',
       'other', 'repairs', 'retraining'], dtype=object)

numpy.unique(LabelEncoder().fit_transform(credit_scoring['purpose']))

array([0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9])

Encodage d'étiquettes pour les variables catégorielles

Un arbre de décision qui scinde la variable « credit purpose » en intervalles continus arbitraires de nombres, où les nombres codent la catégorie sous-jacente.

Encodage one-hot pour les variables catégorielles

pd.get_dummies(credit_scoring['purpose']).iloc[1]

purpose_business                   0
purpose_buy_domestic_appliance     0
purpose_buy_furniture_equipment    0
purpose_buy_new_car                0
purpose_buy_radio_tv               1
purpose_buy_used_car               0
purpose_education                  0
purpose_other                      0
purpose_repairs                    0
purpose_retraining                 0

Encodage par mots-clés pour les variables catégorielles

from sklearn.feature_extraction.text import CountVectorizer
vec = CountVectorizer()

credit_scoring['purpose'] = credit_scoring['purpose'].apply(
    lambda s: ' '.join(s.split('_')), 0)

dummy_matrix = vec.fit_transform(credit_scoring['purpose']).toarray()

pd.DataFrame(dummy_matrix, columns=vec.get_feature_names()).head()

      appliance  business  buy  car  ...   repairs  retraining  tv  used
0          0         0    1    0  ...         0           0   1     0
1          0         0    1    0  ...         0           0   1     0
2          0         0    0    0  ...         0           0   0     0
3          0         0    1    0  ...         0           0   0     0

Dimensionnalité et ingénierie des variables

Variables catégorielles dans credit :

Encodage d'étiquettes : 1 colonne.
Encodage one-hot : 10 colonnes.
Encodage par mots-clés : 15 colonnes.

Variables ECG dans arrhythmias :

Plus de 250 variables

Précision sur l'échantillon à 0,8 pour 0 colonnes ajoutées, qui monte presque à 1,0 quand on ajoute des colonnes factices. La précision hors échantillon chute aussitôt que des colonnes factices sont ajoutées.

Sélection de variables

from np.random import uniform
fakes = pd.DataFrame(
    uniform(low=0.0, high=1.0, size=n * 100).reshape(X.shape[0], 100),
    columns=['fake_' + str(j) for j in range(100)]
)
X_with_fakes = pd.concat([X, fakes], 1)

Sélection de variables

from sklearn.feature_selection import chi2, SelectKBest
sk = SelectKBest(chi2, k=20)
which_selected = sk.fit(X_with_fakes, y).get_support()
X_with_fakes.columns[which_selected]

['checking_status', 'duration', 'credit_history', 'purpose',
    'credit_amount', 'savings_status', 'installment_commitment',
    'personal_status', 'property_magnitude', 'age', 'other_payment_plans',
    'job', 'own_telephone', 'fake_28', 'fake_46', 'fake_51', 'fake_60',
    'fake_83', 'fake_95', 'fake_99']

Des compromis partout !

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