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Analyse d’expression différentielle avec limma en R

John Blischak

Instructor

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Analyse d’expression différentielle avec limma en R

Histogrammes des p-values

  • Fonction limma topTable

  • Indiquer le contraste

    • coef = "dox_wt"
    • coef = "dox_top2b"
    • coef = "interaction"
hist(runif(10000))

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Volcano plot

  • Fonction limma volcanoplot

  • Axe x : log du fold change d'expression entre groupes contrastés

  • Axe y : log des odds d'expression différentielle

  • Indiquer le contraste, p. ex. coef = "dox_wt"

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Tester l'enrichissement KEGG

  • Fonctions limma kegga et topKEGG

  • Indiquer le contraste, p. ex. coef = "dox_wt"

  • Indiquer l'espèce souris avec species = "Mm"

    • Mm == Mus musculus
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Passons à la pratique !

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