Introduction à la liaison différentielle

ChIP-seq avec Bioconductor en R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

ChIP-seq avec Bioconductor en R

Comparer des échantillons

  • Deux groupes d'échantillons : tumeur primaire et résistante au traitement.

Questions à éclaircir :

  • Les échantillons d'un même groupe sont-ils globalement similaires ?
  • Ceux de groupes différents sont-ils distincts ?
  • Quelles sont ces différences ?
ChIP-seq avec Bioconductor en R

ChIP-seq avec Bioconductor en R

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ChIP-seq avec Bioconductor en R

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Graphiques d'ACP pour des données ChIP-seq

qc_result <- ChIPQC("sample_info.csv", "hg19")

counts <- dba.count(qc_results, summits=250)

plotPrincomp(counts)
ChIP-seq avec Bioconductor en R

Regroupement hiérarchique

Calculer la distance entre échantillons

distance <- dist(t(coverage))

Créer un dendrogramme

dendro <- hclust(distance)

Tracer le dendrogramme

plot(dendro)
ChIP-seq avec Bioconductor en R

Cartes thermiques

Créer une carte thermique à partir de la couverture des pics

dba.plotHeatmap(peaks, maxSites = peak_count, correlations = FALSE)

ChIP-seq avec Bioconductor en R

Passons à la pratique !

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