Qu'est-ce que le ChIP-seq ?

ChIP-seq avec Bioconductor en R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

ChIP-seq avec Bioconductor en R

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Les données

  • Patients atteints d'un cancer de la prostate
    • 5 échantillons de tumeurs primitives
    • 3 échantillons résistants au traitement
  • ChIP ciblant le récepteur des androgènes
  • L'AR est activé par liaison à la testostérone
  • L'AR activé régule l'expression de gènes cibles
ChIP-seq avec Bioconductor en R

Accéder aux données ChIP-seq en R

  • Charger des fichiers BAM
library(GenomicAlignments)
reads <- readGAlignments('file_name')
  • Obtenir les coordonnées des lectures
seqnames(reads)
start(reads)
end(reads)
  • Calculer la couverture
coverage(reads)
ChIP-seq avec Bioconductor en R

Accéder aux appels de pics

  • Charger des fichiers BED
library(rtracklayer)
peaks <- import.bed('file_name')
  • Obtenir les coordonnées des pics
chrom(peaks)
ranges(peaks)
  • Extraire les scores des pics
score(peaks)
ChIP-seq avec Bioconductor en R

Passons à la pratique !

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