Revue ChIP-seq

ChIP-seq avec Bioconductor en R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

Revue : importation des données

Charger les pics appelés

peaks <- import.bed(peak_file, genome="hg19")

Créer un objet BamViews

bam_views <- BamViews(bam_file, bamRanges=peaks)

Charger les lectures

reads <- readGAlignments(bam_views)
ChIP-seq avec Bioconductor en R

Revue : visualiser des données ChIP-seq

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Revue : liaison différentielle

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Revue : analyse d'enrichissement

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Aller plus loin

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Bravo !

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