Nettoyer des données ChIP-seq

ChIP-seq avec Bioconductor en R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

Problèmes courants

Des alignements erronés peuvent créer de faux pics.

  • Répétitions génomiques.

ChIP-seq avec Bioconductor en R

Problèmes courants

Des alignements erronés peuvent créer de faux pics.

  • Répétitions génomiques.

  • Séquence de référence incomplète.

ChIP-seq avec Bioconductor en R

Problèmes courants

Des alignements erronés peuvent créer de faux pics.

  • Répétitions génomiques.

  • Séquence de référence incomplète.

  • Régions à faible complexité.

ChIP-seq avec Bioconductor en R

ChIP-seq avec Bioconductor en R

Biais d'amplification

  • Les fragments d'ADN extraits des cellules sont copiés plusieurs fois avant le séquençage.
  • Les fragments ne génèrent pas tous le même nombre de copies.
  • Plusieurs copies d'un même fragment peuvent être séquencées.
  • Un seul fragment d'ADN peut gonfler la couverture et fausser l'appel des pics.
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Rapports de contrôle qualité

library(ChIPQC)
qc_report <- ChIPQC(experiment="sample_info.csv", annotation="hg19")
ChIPQCreport(qc_report)

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Préparer les fichiers d'entrée

SampleID Facteur Condition Tissu Traitement bamReads Pics PeakCaller
S1 AR primaire tumeur de prostate primaire score de Gleason : 3+4=7 S1.bam S1.bed macs
S2 AR primaire tumeur de prostate primaire score de Gleason : 3+4=7 S2.bam S2.bed macs
... ... ... ... ... ... ... ...
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Nettoyer les données

  • Supprimer les lectures en double.
  • Supprimer les lectures avec correspondances multiples.
  • Supprimer les lectures de faible qualité d'alignement.
  • Supprimer les pics dans les régions en liste noire.
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Nettoyer les données

  • Supprimer les lectures en double.
  • Supprimer les lectures avec correspondances multiples.
  • Supprimer les lectures de faible qualité d'alignement.
  • Supprimer les pics dans les régions en liste noire.
ChIP-seq avec Bioconductor en R

Nettoyer les données

  • Supprimer les lectures en double.
  • Supprimer les lectures avec correspondances multiples.
  • Supprimer les lectures de faible qualité d'alignement.
  • Supprimer les pics dans les régions en liste noire.
    • Les régions en liste noire sont disponibles via le projet ENCODE.
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Passons à la pratique !

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