Packages et espaces de noms

Programmation R défensive

Dr. Colin Gillespie

Jumping Rivers

Votre environnement global

L'environnement par défaut est .GlobalEnv
Les objets sont stockés dans des environnements
Pour voir le contenu, utilisez ls()
Cet environnement se remplit vite
On peut finir par confondre des objets

n
# ou voulais-je
N

Packages et environnements

Les packages utilisent des espaces de noms comme espaces pour les noms
- Pensez à un espace de noms comme à une boîte qui contient le package
Un espace de noms aide à garder les choses en ordre
- Un peu comme des dossiers

Fonctions exportées

library() vous donne un accès direct à cette boîte du package
library("dplyr") donne un accès direct aux fonctions exportées de dplyr

## 238 exported functions
getNamespaceExports("dplyr")

Sinon, on peut utiliser :: pour appeler une fonction directement

## La fonction filter de dplyr
dplyr::filter

Les grands esprits se rencontrent

Parfois, des auteurs de packages utilisent le même nom de fonction

## La fonction filter()
stats::filter()
dplyr::filter()

Si je tape filter(), quelle version obtiens-je ?
Cela dépend de l'ordre de chargement des packages !

Les grands esprits se rencontrent

search() à la rescousse

search()

# [1] ".GlobalEnv"         "package:dplyr"      "package:stats"  
# <Other packages>

Soyez défensif

Les conflits d'espaces de noms ne sont pas qu'agaçants

Ils peuvent causer des bogues difficiles à diagnostiquer

Le package conflicted vous oblige à rendre votre choix de fonction explicite

library("conflicted")
library("dplyr")

filter

#Error: [conflicted] `filter` found in 2 packages.
#Either pick the one you want with `::` 
# * dplyr::filter
# * stats::filter
#Or declare a preference with `conflict_prefer()`
# * conflict_prefer("filter", "dplyr")
# * conflict_prefer("filter", "stats")

Réveil en douceur

Programmation R défensive