Einführung in differentielles Binding

ChIP-seq mit Bioconductor in R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

ChIP-seq mit Bioconductor in R

Proben vergleichen

  • Zwei Stichprobengruppen: Primärtumor und therapieresistent.

Fragen, die wir beantworten wollen:

  • Sind Proben derselben Gruppe generell ähnlich?
  • Unterscheiden sich Proben verschiedener Gruppen?
  • Worin bestehen diese Unterschiede?
ChIP-seq mit Bioconductor in R

ChIP-seq mit Bioconductor in R

ChIP-seq mit Bioconductor in R

ChIP-seq mit Bioconductor in R

ChIP-seq mit Bioconductor in R

PCA-Plots für ChIP-seq-Daten

qc_result <- ChIPQC("sample_info.csv", "hg19")

counts <- dba.count(qc_results, summits=250)

plotPrincomp(counts)
ChIP-seq mit Bioconductor in R

Hierarchisches Clustering

Abstand zwischen Proben berechnen

distance <- dist(t(coverage))

Dendrogramm erzeugen

dendro <- hclust(distance)

Dendrogramm plotten

plot(dendro)
ChIP-seq mit Bioconductor in R

Heatmaps

Heatmap aus Coverage-Daten für Peaks erstellen

dba.plotHeatmap(peaks, maxSites = peak_count, correlations = FALSE)

ChIP-seq mit Bioconductor in R

Lass uns üben!

ChIP-seq mit Bioconductor in R

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