Was ist ChIP-seq?

ChIP-seq mit Bioconductor in R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

ChIP-seq mit Bioconductor in R

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ChIP-seq mit Bioconductor in R

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Die Daten

  • Prostatakrebspatienten
    • 5 Primärtumorproben
    • 3 therapieresistente Proben
  • ChIP auf den Androgenrezeptor
  • AR wird durch Bindung von Testosteron aktiviert
  • Aktivierter AR steuert die Genexpression von Zielgenen
ChIP-seq mit Bioconductor in R

ChIP-seq-Daten in R abrufen

  • BAM-Dateien laden
library(GenomicAlignments)
reads <- readGAlignments('file_name')
  • Read-Koordinaten abrufen
seqnames(reads)
start(reads)
end(reads)
  • Coverage berechnen
coverage(reads)
ChIP-seq mit Bioconductor in R

Peak-Calls abrufen

  • BED-Dateien laden
library(rtracklayer)
peaks <- import.bed('file_name')
  • Peak-Koordinaten abrufen
chrom(peaks)
ranges(peaks)
  • Peak-Scores auslesen
score(peaks)
ChIP-seq mit Bioconductor in R

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