ChIP-seq: Rückblick

ChIP-seq mit Bioconductor in R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

Rückblick: Daten importieren

Peak-Calls laden

peaks <- import.bed(peak_file, genome="hg19")

Ein BamViews-Objekt erstellen

bam_views <- BamViews(bam_file, bamRanges=peaks)

Reads laden

reads <- readGAlignments(bam_views)
ChIP-seq mit Bioconductor in R

Rückblick: ChIP-seq-Daten visualisieren

ChIP-seq mit Bioconductor in R

ChIP-seq mit Bioconductor in R

Rückblick: Differenzielle Bindung

ChIP-seq mit Bioconductor in R

Rückblick: Anreicherungsanalyse

ChIP-seq mit Bioconductor in R

Wie geht's weiter

ChIP-seq mit Bioconductor in R

Gut gemacht!

ChIP-seq mit Bioconductor in R

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