Modelo DESeq2 - contrastes

RNA-Seq com Bioconductor em R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

Fluxo DESEq2

Fluxo DESeq2 - redução de LFC

RNA-Seq com Bioconductor em R

Fluxo DESeq2

# Run analysis 
dds_wt <- DESeq(dds_wt)

using pre-existing size factors
estimating dispersions
gene-wise dispersion estimates
mean-dispersion relationship
final dispersion estimates
fitting model and testing
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Modelo binomial negativa do DESeq2

Modelo NB

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Modelo binomial negativa do DESeq2

Modelo NB 2

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Contrastes no DESeq2

results(wt_dds, alpha = 0.05)

saída do contraste

RNA-Seq com Bioconductor em R

Contrastes no DESeq2

A sintaxe é:

results(dds, 
        contrast = c("condition_factor", "level_to_compare", 
        "base_level"), 
        alpha = 0.05)

wt_res <- results(dds_wt, 
            contrast = c("condition", "fibrosis", 
            "normal"), 
            alpha = 0.05)
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Contrastes no DESeq2

wt_res

saída do contraste

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Redução de LFC no DESeq2

plotMA(wt_res, ylim=c(-8,8))

Gráfico MA com fold changes sem redução

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Redução de LFC

wt_res <- lfcShrink(dds_wt, 
            contrast=c("condition", "fibrosis", "normal"),
            res=wt_res)

plotMA(wt_res, ylim=c(-8,8))
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Redução de LFC

Gráfico MA com fold changes reduzidos

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Vamos praticar!

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