Visão geral da análise DE

RNA-Seq com Bioconductor em R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

Revise o conjunto de dados/pergunta

experimento de fibrose

RNA-Seq com Bioconductor em R

Visão geral da análise DE

Fluxo de trabalho do DESeq2

RNA-Seq com Bioconductor em R

Fluxo de trabalho do DESeq2 - modelo

RNA-Seq com Bioconductor em R

Fluxo de trabalho do DESeq2: Modelo

# Create DESeq object 
dds_wt <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = wt_rawcounts,
                              colData = reordered_wt_metadata,
                              design = ~ condition)

objeto DESeq

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Fluxo de trabalho do DESeq2: Fórmula de design

exemplo de metadados

# Design formula 
~ strain + sex + treatment
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Fluxo de trabalho do DESeq2: Fórmula de design

exemplo de metadados

# Design formula 
~ strain + sex + treatment + sex:treatment
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Fluxo de trabalho do DESeq2: Execução

# Run analysis
dds_wt <- DESeq(dds_wt)

using pre-existing size factors
estimating dispersions
gene-wise dispersion estimates
mean-dispersion relationship
final dispersion estimates
fitting model and testing

Objeto DESeq

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Vamos praticar!

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