Análise de expressão diferencial

RNA-Seq com Bioconductor em R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

DESeq2

RNA-Seq com Bioconductor em R

Análise de expressão diferencial: vignette do DESeq2

vignette(DESeq2)

Vignette do DESeq2

RNA-Seq com Bioconductor em R

explorando a vignette

RNA-Seq com Bioconductor em R

workflow do DESeq2

RNA-Seq com Bioconductor em R

Importando dados para o DESeq2

# Read in raw counts
wt_rawcounts <- read.csv("fibrosis_wt_rawcounts.csv") 
View(wt_rawcounts)

contagens brutas de wt (fibrose)

RNA-Seq com Bioconductor em R

Importando dados para o DESeq2: metadata

# Read in metadata
wt_metadata <- read.csv("fibrosis_wt_metadata_unordered.csv") 
View(wt_metadata)

metadata de wt (fibrose)

RNA-Seq com Bioconductor em R

Vamos praticar!

RNA-Seq com Bioconductor em R

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