Resumo da análise de DE por RNA-Seq

RNA-Seq com Bioconductor em R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

fluxo de trabalho

RNA-Seq com Bioconductor em R

Preparação de RNA-Seq

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QC

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Fluxo de trabalho de RNA-Seq: Controle de qualidade dos dados brutos

Contaminação de sequências

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Alinhamento

RNA-Seq com Bioconductor em R

Fluxo de trabalho de RNA-Seq: Alinhamento

Alinhamento2

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Quantificação

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Fluxo de trabalho de RNA-Seq: Quantificação

contagens

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Fluxo completo

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Preparação para análise de expressão diferencial: Objeto DESeq2

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = rawcounts,
                        colData = metadata,
                        design = ~ condition)

dados de contagem

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Vamos praticar!

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