Fluxo de trabalho de RNA-Seq

RNA-Seq com Bioconductor em R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

Fluxo de trabalho de RNA-Seq: desenho experimental

  réplicas biológicas

  • Réplicas técnicas: Variação técnica geralmente baixa; em geral, desnecessárias.

  • Réplicas biológicas: Essenciais para análises de expressão diferencial por RNA-Seq. Quanto mais, melhor; no mínimo 3.

  • Efeitos de lote (batch): Evite ao máximo e registre todas as variáveis experimentais.

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fluxo de trabalho

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preparo de RNA-Seq

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controle de qualidade

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Fluxo de trabalho de RNA-Seq: controle de qualidade

qualidade da sequência

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alinhamento

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Fluxo de trabalho de RNA-Seq: alinhamento

alinhamento ao genoma

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quantificação

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Fluxo de trabalho de RNA-Seq: matriz de contagens

wt_rawcounts <- read.csv("fibrosis_wt_rawcounts.csv")

matriz de contagens

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fluxo completo

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resultados de exemplo

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fluxo completo

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