Análises de clusterização não supervisionada

RNA-Seq com Bioconductor em R

Mary Piper

Instructor

Fluxo de trabalho do DESeq2 - QC

RNA-Seq com Bioconductor em R

Análises de clusterização não supervisionada: transformação log

vsd_wt <- vst(dds_wt, blind=TRUE)
RNA-Seq com Bioconductor em R

exemplo de heatmap

RNA-Seq com Bioconductor em R

Clusterização hierárquica com heatmaps de correlação

# Extract the vst matrix from the object
vsd_mat_wt <- assay(vsd_wt) 
# Compute pairwise correlation values
vsd_cor_wt <- cor(vsd_mat_wt) 
View(vsd_cor_wt)

matriz de correlação

RNA-Seq com Bioconductor em R

Clusterização hierárquica com heatmaps de correlação

# Load pheatmap libraries
library(pheatmap) 

# Plot heatmap
pheatmap(vsd_cor_wt, annotation = select(wt_metadata, condition))
RNA-Seq com Bioconductor em R

Clusterização hierárquica com heatmaps de correlação

heatmap do tipo selvagem

RNA-Seq com Bioconductor em R

Vamos praticar!

RNA-Seq com Bioconductor em R

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