O papel do S4 no Bioconductor

Introdução ao Bioconductor em R

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

S3

Pontos positivos

CRAN, simples e poderoso
Flexível e interativo
Usa função genérica
A funcionalidade depende do primeiro argumento
Exemplo: plot() e methods(plot)

Pontos negativos

Ruim para validar tipos e convenções de nomes (ponto ou não?)
Herança funciona, mas depende da entrada

S4

Pontos positivos

Definição formal de classes
Reutilização no Bioconductor
Validação de tipos
Convenções de nomenclatura

Exemplo: myDescriptor <- new("GenomeDescription")

Pontos negativos

Estrutura complexa em comparação ao S3

É S4 ou não?

Verificar se um objeto é S4

isS4(myDescriptor)

TRUE

str de objetos S4 começa com Formal class

str(myDescriptor)

Formal class 'GenomeDescription' [package "GenomeInfoDb"] with 7 slots
...

Definição de classe S4

Uma classe descreve uma representação

name
slots (métodos/campos)
contains (definição de herança)

MyEpicProject <- setClass(# Defina o nome da classe em UpperCamelCase
                          "MyEpicProject",
                          # Defina os slots, úteis para validação
                          slots = c(ini = "Date", 
                                    end = "Date", 
                                    milestone = "character"),
                          # Defina a herança        
                          contains = "MyProject")

.S4methods(class = "GenomeDescription")

 [1] coerce          commonName      organism        provider       
 [5] providerVersion releaseDate     releaseName     seqinfo        
 [9] seqnames        show            toString        bsgenomeName   
see '?methods' for accessing help and source code

showMethods(classes = "GenomeDescription", where = search())

Resumo do objeto

show(myDescriptor)

| organism:  ()
| provider: 
| provider version: 
| release date: 
| release name: 
| ---
| seqlengths:

Vamos praticar!

Introdução ao Bioconductor em R