Apresentando a biologia de conjuntos de dados genômicos

Introdução ao Bioconductor em R

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

Organismos dos reinos da vida

Partes do DNA

Elementos do genoma

Informação genética: alfabeto do DNA
Conjunto de cromossomos (número bem variável)
Genes (levam instruções de hereditariedade)
- codificantes e não codificantes
Proteínas (executam funções específicas)
- DNA→RNA (transcrição)
- RNA→proteína (tradução)

Levedura

Um microrganismo unicelular
O fungo que todo mundo ama ♥
Usado em fermentação: cerveja, pão, kefir, kombucha, biorremediação etc.
Nome: Saccharomyces cerevisiae ou S. cerevisiae

Levedura

Pacote de anotação BSgenome

# Carregar o pacote e guardar os dados em yeast
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)
yeast <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3


# Outros genomas disponíveis
available.genomes()

"BSgenome.Alyrata.JGI.v1"                   
"BSgenome.Amellifera.BeeBase.assembly4"     
"BSgenome.Amellifera.NCBI.AmelHAv3.1"       
"BSgenome.Amellifera.UCSC.apiMel2"          
"BSgenome.Amellifera.UCSC.apiMel2.masked"
...

length(yeast)

names(yeast)

"chrI"    "chrII"   "chrIII"  "chrIV"   "chrV"    "chrVI"   "chrVII" 
"chrVIII" "chrIX"   "chrX"    "chrXI"   "chrXII"  "chrXIII" "chrXIV" 
"chrXV"   "chrXVI"  "chrM"

seqlengths(yeast)

chrI    chrII   chrIII  chrIV    chrV    chrVI   chrVII   chrVIII  chrIX   chrX 
230218  813184  316620  1531933  576874  270161  1090940  562643   439888  745751 
chrXI  chrXII   chrXIII  chrXIV   chrXV    chrXVI   chrM 
666816 1078177  924431   784333   1091291  948066   85779

Obter sequências

getSeq(): método S4 para BSgenome

# Selecionar toda a sequência genômica
getSeq(yeast)


# Selecionar a sequência do cromossomo M
getSeq(yeast, "chrM")


# Selecionar os primeiros 10 pares de bases
getSeq(yeast, end = 10)

Vamos praticar!

Introdução ao Bioconductor em R