Visualizações gráficas em R com ggplot2

R para Usuários de SAS

Melinda Higgins, PhD

Research Professor/Senior Biostatistician Emory University

Pacote ggplot2

logo do hexsticker do ggplot2

ggplot2 é um pacote gráfico poderoso para R
O "GG" em ggplot vem de "grammar of graphics"
ggplot2 usa camadas para construir gráficos
Um ou mais objetos geométricos são adicionados à camada base

Camadas - camada base

# Create plot for x=sex and y=diameter
ggplot(data = abalone, aes(sex, diameter))

Defina a camada base com ggplot()
Configure data = abalone
Defina aes para sex e diameter
Ainda sem objetos gráficos
Eixo x pronto para sex
Eixo y pronto para diameter
Grade traçada

ambiente gráfico do ggplot2 ainda sem boxplot

Camadas - adicionar geom boxplot

# Add boxplot geometric object or geom
ggplot(data = abalone,
       aes(sex, diameter)) +
  geom_boxplot()

O operador + adiciona camada
geom_boxplot() adicionado
Resultado: série de boxplots
Diâmetros de abalone por sexo
F fêmeas, I jovens e M machos

boxplots do ggplot2 adicionados

Camadas - adicionar um tema

# Add black white theme
ggplot(data = abalone,
       aes(sex, diameter)) +
  geom_boxplot() +
  theme_bw()

Adicione a camada "theme" com theme_bw()
Remove o fundo cinza
Desenha uma borda preta ao redor do gráfico

boxplot do ggplot2 com tema preto e branco

Trocar geom boxplot por geom violin

# Change to geom_violin()
ggplot(data = abalone,
       aes(sex, diameter)) +
  geom_violin() +
  theme_bw()

geom_violin substitui geom_boxplot
Cria um formato parecido com um violino
Reflete a densidade dos dados
Mudança simples para gerar nova figura

gráfico violino do ggplot2

Histograma de uma variável

# Make histogram of shuckedWeight
ggplot(abalone, aes(shuckedWeight)) +
  geom_histogram()

Crie um histograma para uma variável
Uma variável = uma estética
Adicione geom_histogram()
Defina aes() como shuckedWeight
As cores padrão precisam mudar

histograma do ggplot2 todo preto

Histograma com cores

# Make lines black and fill light blue
ggplot(abalone, aes(shuckedWeight)) +
  geom_histogram(color = "black",
                 fill = "lightblue")

Altere parâmetros gráficos
Defina color das bordas das barras
Defina a cor de fill das barras
Cada opção vai dentro de ()
O histograma fica bem melhor

histograma do ggplot2 com barras azuis e contornos pretos

Histograma: adicionar título e eixos

# Add x, y axis labels and title
ggplot(abalone, aes(shuckedWeight)) +
  geom_histogram(color = "black",
                 fill = "lightblue") +
  xlab("Shucked Weight") +
  ylab("Frequency Counts") +
  ggtitle("Shucked Weights Histogram")

Adicione rótulos melhores e título
Use xlab() e ylab() para os eixos
Use ggtitle() para o título
Esta figura está pronta para publicar!

histograma do ggplot2 com rótulos de eixos e título

Criar scatterplot

# Make scatterplot with geom_point()
ggplot(abalone,
       aes(rings, shellWeight)) +
  geom_point()

Um scatterplot em aes precisa de duas variáveis
geom_point() adiciona os pontos
Dispersão de pesos da concha por anéis

dispersão do ggplot2 de shellweight por rings

Scatterplot: adicionar linha suavizada

# Add smoothed fit line
ggplot(abalone,
       aes(rings, shellWeight)) +
  geom_point() +
  geom_smooth()

Ao scatterplot, adicione a linha geom_smooth()
Inclui área sombreada de confiança

dispersão do ggplot2 com linha suavizada

Criar painéis por outra variável

# Add panels using facet_wrap()
ggplot(abalone,
       aes(rings, shellWeight)) +
  geom_point() +
  geom_smooth() +
  facet_wrap(vars(sex))

Adicione mais uma camada ao scatterplot
Crie painéis para cada sexo de abalone
Adicione a camada facet_wrap()
vars(sex) define a variável dos painéis

dispersão do ggplot2 com 3 painéis por sexo

Resto do curso

O Capítulo 1 fecha com uma breve introdução a gráficos
- base de habilidades gráficas com ggplot2
- visualizar medidas de abalone por sexo
O Capítulo 2 ensina preparação de dados
- limpar o conjunto de dados de abalone
O Capítulo 3 ensina exploração de dados
- estatísticas descritivas, correlações e testes de comparação
O Capítulo 4 ensina modelagem e apresentação
- prever idades de abalone por medidas
- explorar modelos por sexo

Vamos fazer alguns gráficos de abalones

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