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Análise de Expressão Diferencial com limma em R

John Blischak

Instructor

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Análise de Expressão Diferencial com limma em R

Histogramas de p-values

  • Função do limma topTable

  • Especificar contraste

    • coef = "dox_wt"
    • coef = "dox_top2b"
    • coef = "interaction"
hist(runif(10000))

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Gráfico vulcão

  • Função do limma volcanoplot

  • Eixo x: variação log-fold na expressão entre os grupos em contraste

  • Eixo y: log das chances de expressão diferencial

  • Especificar contraste, por exemplo coef = "dox_wt"

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Teste de enriquecimento KEGG

  • Funções do limma kegga e topKEGG

  • Especificar contraste, por exemplo coef = "dox_wt"

  • Especificar espécie do camundongo com species = "Mm"

    • Mm == Mus musculus
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Vamos praticar!

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