Análise de expressão diferencial

Análise de Expressão Diferencial com limma em R

John Blischak

Instructor

Qual é o objetivo de uma análise de expressão diferencial?

Identificar os genes associados a um fenótipo de interesse
Exemplos:
- A resposta a um estímulo, como um fármaco
- Mudanças durante o desenvolvimento
- O efeito de uma mutação genética

Por que expressão diferencial?

Novidade
- Há genes adicionais de interesse?
Contexto
- A medida para um gene é única ou comum?
Sistemas
- Quais vias biológicas são importantes?

Muitas etapas para concluir um experimento

Planejar o estudo
Executar o experimento
Coletar os dados
Pré-processar os dados
Explorar os dados
Testar os dados
Interpretar os resultados
Compartilhar os resultados

Alertas

As medições são relativas, não absolutas
Métodos estatísticos não salvam um estudo mal planejado

Vamos praticar!

Análise de Expressão Diferencial com limma em R

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