Pré-processar os dados

Análise de Expressão Diferencial com limma em R

John Blischak

Instructor

Mecanismo da cardiotoxicidade induzida por doxorrubicina

  • Desenho 2x2 para estudar o mecanismo da doxorrubicina:
    • 2 genótipos: tipo selvagem (wt), Top2b nulo (top2b)
    • 2 tratamentos: PBS (pbs), doxorrubicina (dox)
    • Zhang et al. 2012
dim(eset)

Features  Samples 
   29532       12

table(pData(eset)[, c("genotype", "treatment")])

        treatment
genotype dox pbs
   top2b   3   3
   wt      3   3
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Inspecionar as features

plotDensities(eset, 
    group = pData(eset)[, "genotype"], 
    legend = "topright")

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Etapas de pré-processamento

  • Transformação log

  • Normalização por quantis

  • Filtragem

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Verificação: boxplot de Top2b

boxplot(<y-axis> ~ <x-axis>, main = "<title>")

boxplot(<gene expression> ~ <phenotype>, main = "<feature>")

boxplot(<Top2b expression> ~ <genotype>, main = "<Top2b info>")
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Verificar fontes de variação

  • Análise de componentes principais

  • Função plotMDS do limma

  • Quantos clusters você espera?

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Vamos praticar!

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