Introdução ao binding diferencial

ChIP-seq com Bioconductor em R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

ChIP-seq com Bioconductor em R

Comparando amostras

  • Dois grupos de amostras: tumor primário e resistente ao tratamento.

Perguntas que queremos responder:

  • Amostras do mesmo grupo são, em geral, semelhantes?
  • Amostras de grupos diferentes são diferentes?
  • Quais são essas diferenças?
ChIP-seq com Bioconductor em R

ChIP-seq com Bioconductor em R

ChIP-seq com Bioconductor em R

ChIP-seq com Bioconductor em R

ChIP-seq com Bioconductor em R

Gráficos de PCA para dados de ChIP-seq

qc_result <- ChIPQC("sample_info.csv", "hg19")

counts <- dba.count(qc_results, summits=250)

plotPrincomp(counts)
ChIP-seq com Bioconductor em R

Agrupamento hierárquico

Calcular a distância entre amostras

distance <- dist(t(coverage))

Criar dendrograma

dendro <- hclust(distance)

Plotar o dendrograma

plot(dendro)
ChIP-seq com Bioconductor em R

Heatmaps

Criar um heatmap dos dados de cobertura para picos

dba.plotHeatmap(peaks, maxSites = peak_count, correlations = FALSE)

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Vamos praticar!

ChIP-seq com Bioconductor em R

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