O que é ChIP-seq?

ChIP-seq com Bioconductor em R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

ChIP-seq com Bioconductor em R

ChIP-seq com Bioconductor em R

ChIP-seq com Bioconductor em R

ChIP-seq com Bioconductor em R

ChIP-seq com Bioconductor em R

Os dados

  • Pacientes com câncer de próstata
    • 5 amostras de tumor primário
    • 3 amostras resistentes ao tratamento
  • ChIP direcionado ao receptor de andrógeno (AR)
  • AR é ativado ao se ligar à testosterona
  • AR ativado regula a expressão de genes-alvo
ChIP-seq com Bioconductor em R

Acessando dados de ChIP-seq em R

  • Carregando arquivos BAM
library(GenomicAlignments)
reads <- readGAlignments('file_name')
  • Obtendo coordenadas de leituras
seqnames(reads)
start(reads)
end(reads)
  • Calculando cobertura
coverage(reads)
ChIP-seq com Bioconductor em R

Acessando chamadas de picos

  • Carregando arquivos BED
library(rtracklayer)
peaks <- import.bed('file_name')
  • Obtendo coordenadas dos picos
chrom(peaks)
ranges(peaks)
  • Extraindo pontuações dos picos
score(peaks)
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Vamos praticar!

ChIP-seq com Bioconductor em R

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