Revisão de ChIP-seq

ChIP-seq com Bioconductor em R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

Revisão: Importando dados

Carregar chamadas de picos

peaks <- import.bed(peak_file, genome="hg19")

Criar um objeto BamViews

bam_views <- BamViews(bam_file, bamRanges=peaks)

Carregar as leituras

reads <- readGAlignments(bam_views)
ChIP-seq com Bioconductor em R

Revisão: Visualizando dados de ChIP-seq

ChIP-seq com Bioconductor em R

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Revisão: Ligação diferencial

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Revisão: Análise de enriquecimento

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Seguindo em frente

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Muito bem!

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