Limpando dados de ChIP-seq

ChIP-seq com Bioconductor em R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

Problemas comuns

Leituras mapeadas incorretamente podem gerar picos falsos.

  • Repetições genômicas.

ChIP-seq com Bioconductor em R

Problemas comuns

Leituras mapeadas incorretamente podem gerar picos falsos.

  • Repetições genômicas.

  • Sequência de referência incompleta.

ChIP-seq com Bioconductor em R

Problemas comuns

Leituras mapeadas incorretamente podem gerar picos falsos.

  • Repetições genômicas.

  • Sequência de referência incompleta.

  • Regiões de baixa complexidade.

ChIP-seq com Bioconductor em R

ChIP-seq com Bioconductor em R

Viés de amplificação

  • Fragmentos de DNA extraídos das células são copiados várias vezes antes do sequenciamento.
  • Nem todos os fragmentos geram o mesmo número de cópias.
  • Várias cópias do mesmo fragmento podem ser sequenciadas.
  • Um único fragmento pode inflar a cobertura e levar a picos incorretos.
ChIP-seq com Bioconductor em R

Relatórios de controle de qualidade

library(ChIPQC)
qc_report <- ChIPQC(experiment="sample_info.csv", annotation="hg19")
ChIPQCreport(qc_report)

ChIP-seq com Bioconductor em R

Preparando arquivos de entrada

SampleID Factor Condition Tissue Treatment bamReads Peaks PeakCaller
S1 AR primary primary prostate tumor gleason score: 3+4=7 S1.bam S1.bed macs
S2 AR primary primary prostate tumor gleason score: 3+4=7 S2.bam S2.bed macs
... ... ... ... ... ... ... ...
ChIP-seq com Bioconductor em R

Limpando os dados

  • Remover leituras duplicadas.
  • Remover leituras com múltiplos alinhamentos.
  • Remover leituras com baixa qualidade de mapeamento.
  • Remover picos em regiões da blacklist.
ChIP-seq com Bioconductor em R

Limpando os dados

  • Remover leituras duplicadas.
  • Remover leituras com múltiplos alinhamentos.
  • Remover leituras com baixa qualidade de mapeamento.
  • Remover picos em regiões da blacklist.
ChIP-seq com Bioconductor em R

Limpando os dados

  • Remover leituras duplicadas.
  • Remover leituras com múltiplos alinhamentos.
  • Remover leituras com baixa qualidade de mapeamento.
  • Remover picos em regiões da blacklist.
    • Regiões da blacklist estão disponíveis no projeto ENCODE.
ChIP-seq com Bioconductor em R

Vamos praticar!

ChIP-seq com Bioconductor em R

Preparing Video For Download...