Le package parallel - parApply

Écrire du code R efficace

Colin Gillespie

Jumping Rivers & Newcastle University

Le package parallel

apply() est proche d'une boucle for
- On applique une fonction à chaque ligne/colonne d'une matrice
Une matrice de 10 colonnes et 10 000 lignes :

m <- matrix(rnorm(100000), ncol = 10)

res <- apply(m, 1, median)

Charger le package
- Indiquer le nombre de cœurs
- Créer un cluster
- Passer à parApply()
- Arrêter !

library("parallel")

copies_of_r <- 7

cl <- makeCluster(copies_of_r)

parApply(cl, m, 1, median)

stopCluster(cl)

Comme l'a dit Lewis Caroll

Plus je me hâte, plus je prends du retard.

Parfois, l'exécution parallèle est plus lente à cause de la communication entre threads

# Version sérielle
apply(m, 1, median)

# Version parallèle
parApply(cl, m, 1, median)

Écrire du code R efficace