Visualisation de réseau

Introduction à l’analyse de réseaux en Python

Eric Ma

Data Carpentry instructor and author of nxviz package

Visualisations irrationnelles vs rationnelles

Deux représentations de grands graphes. Dans les deux cas, la structure est enchevêtrée, comme une pelote, ce qui rend l'interprétation difficile.

Introduction à l’analyse de réseaux en Python

Visualiser des réseaux

  • Graphiques matriciels
  • Graphiques en arcs
  • Graphiques Circos
Introduction à l’analyse de réseaux en Python

Visualiser des réseaux

  • Graphiques matriciels
  • Graphiques en arcs
  • Graphiques Circos
Introduction à l’analyse de réseaux en Python

Graphique matriciel

Une matrice 3×3 avec colonnes A, B et C, et lignes A, B et C. Les cases sont noires là où les nœuds du graphe correspondant sont connectés. À côté, un graphe à trois nœuds A, B et C : A–B et A–C sont connectés, B et C ne le sont pas directement.

Introduction à l’analyse de réseaux en Python

Graphique matriciel

La même matrice et le même graphe qu'avant, mais la diagonale de la matrice est grisée.

Introduction à l’analyse de réseaux en Python

Graphique matriciel

La même matrice et le même graphe qu'avant, mais les cases (A, B) et (B, A) sont en jaune. L'arête entre A et B dans le graphe est aussi en jaune.

Introduction à l’analyse de réseaux en Python

Graphique matriciel

La même matrice et le même graphe qu'avant, mais les cases (A, C) et (C, A) sont en jaune. L'arête entre A et C dans le graphe est aussi en jaune.

Introduction à l’analyse de réseaux en Python

Matrices orientées

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Introduction à l’analyse de réseaux en Python

Visualiser des réseaux

  • Graphiques matriciels
  • Graphiques en arcs
  • Graphiques Circos
Introduction à l’analyse de réseaux en Python

Graphique en arcs

Deux graphes avec trois nœuds chacun. Les deux ont des nœuds A, B et C, et des arêtes entre A et B, et entre A et C. Le premier aligne les nœuds en ligne avec des arêtes courbes. Le second place les nœuds sur un plan avec des arêtes droites.

Introduction à l’analyse de réseaux en Python

Visualiser des réseaux

  • Graphiques matriciels
  • Graphiques en arcs
  • Graphiques Circos
Introduction à l’analyse de réseaux en Python

Graphique Circos

ch1-3.018.png

Introduction à l’analyse de réseaux en Python

Graphique Circos

Deux graphes avec six nœuds chacun. À gauche, les nœuds sont en cercle avec des arcs circulaires pour les arêtes. À droite, les nœuds sont placés aléatoirement avec des arêtes droites.

Introduction à l’analyse de réseaux en Python

API nxviz

import nxviz as nv
import matplotlib.pyplot as plt

ap = nv.arc(G)

plt.show()
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Passons à la pratique !

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