Objets et étiquettes

Analyse d'images biomédicales en Python

Stephen Bailey

Instructor

La segmentation découpe une image en parties

segmentation de cellules

segmentation du cerveau

Base de données cardiaques Sunnybrook

Fraction d'éjection : part du sang éjectée du ventricule gauche (VG).

$illustration de la fraction d'éjection$

Image cardiaque

Étiquetage des composantes d'image

masque cardiaque 2D

Étiquetage des composantes d'image

import scipy.ndimage as ndi
im=imageio.imread('SCD4201-2d.dcm')
filt=ndi.gaussian_filter(im, 
                         sigma=2)
mask = filt > 150

labels, nlabels = ndi.label(mask)

nlabels

plt.imshow(labels, cmap='rainbow')
plt.axis('off')
plt.show()

cellules étiquetées

Sélection d'étiquettes

Sélectionner une seule étiquette dans l'image :

np.where(labels == 1, im, 0)

Une étiquette

Sélectionner plusieurs étiquettes dans l'image :

np.where(labels < 3, im, 0)

Deux étiquettes

Extraction d'objets

Boîte englobante : plage de pixels qui entoure totalement un objet
ndi.find_objects() renvoie une liste de coordonnées de boîtes englobantes

image étiquetée avec boîtes englobantes

Extraction d'objets

labels, nlabels = ndi.label(mask)
boxes = ndi.find_objects(labels)

boxes[0]

(slice(116,139), slice(120, 141))

multiples boîtes d'image

Passons à la pratique !

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