Mesurer la morphologie

Analyse d'images biomédicales en Python

Stephen Bailey

Instructor

Morphologie

Par Keating, Steven. (2014) - Keating, Steven. (2014). Coupes IRM crâniennes d'un patient avec astrocytome en 2007 et 2014. Zenodo. doi:10.5281/zenodo.16852, CC0, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=39593095

Étendue spatiale

L'étendue spatiale est le produit de :

L'espace occupé par chaque élément
Le nombre d'éléments du tableau

image-3d-du-coeur

# Calculate volume per voxel
d0, d1, d2 = vol.meta['sampling']
dvoxel = d0 * d1 * d2

# Count label voxels
nvoxels=ndi.sum(1, label, index=1)

# Calculate volume of label
volume = nvoxels * dvoxel
volume

Transformation de distance

superposition-de-la-distance-sur-l'original

Distance euclidienne

# Create a left ventricle mask
mask=np.where(labels == 1, 1, 0)
# In terms of voxels
d=ndi.distance_transform_edt(mask)

d.max()

12.3847

# In terms of space
d=ndi.distance_transform_edt(mask,
    sampling=vol.meta['sampling'])
d.max()

5.8038

Centre de masse

com=ndi.center_of_mass(vol,
                       labels, 
                       index=1)

com

(5.5235, 128.0590, 128.0993)

plt.imshow(vol[5], cmap='gray')
plt.scatter(com[2], com[1])
plt.show()

centre-de-masse

Passons à la pratique !

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