Mesures dans le temps

Analyse d'images biomédicales en Python

Stephen Bailey

Instructor

Fraction d'éjection

$$ Ejection\ Fraction = \frac{LV_{max} - LV_{min}}{LV_{max}} $$

battement de coeur

Analyse d'images biomédicales en Python

Fraction d'éjection

Procédure

  1. Segmenter le ventricule gauche
  2. Pour chaque volume 3D de la série temporelle, calculer le volume
  3. Relever le minimum et le maximum
  4. Calculer la fraction d'éjection
Analyse d'images biomédicales en Python

Calculer le volume à chaque instant

# Stored in (t,z,x,y) format
vol_ts.shape
labels.shape

(20, 12, 256, 256)
(20, 12, 256, 256)

courbe de série temporelle

# Calculate voxel volume in mm^3
d0,d1,d2,d3=vol_ts.meta['sampling']
dvoxel = d1 * d2 * d3

# Instantiate empty list
ts = np.zeros(20)

# Loop through volume time series
for t in range(20):

    nvoxels=ndi.sum(1,
                    labels[t], 
                    index=1)

    ts[t] = nvoxels * dvoxel

plt.plot(ts)
plt.show()
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Calculer la fraction d'éjection

min_vol = ts.min()
max_vol = ts.max()

ejec_frac = (max_vol - min_vol) / max_vol

ejec_frac

0.58672

maximum et minimum côte à côte

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Passons à la pratique !

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