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Biomedizinische Bildanalyse mit Python

Stephen Bailey

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Beispiele gefilterter Bilder

Faltung mit einem Schärfungsfilter

faltungsbeispiel

Faltung mit einem Schärfungsfilter

faltungsergebnis

Von Michael Plotke – Eigenes Werk, CC BY-SA 3.0, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=24288958

Bildfaltung

import imageio.v2 as imageio
import scipy.ndimage as ndi

im=imageio.imread('foot-xray.jpg')

weights = [[.11,  .11, .11],
           [.11,  .12, .11],
           [.11,  .11, .11]]

im_filt = ndi.convolve(im, weights)

fig, axes = plt.subplots(2, 1)
axes[0].imshow(im, cmap='gray')
axes[1].imshow(im_filt,cmap='gray')
plt.imshow()

geglättetes-fußröntgenbild

Filterfunktionen

scipy.ndimage.filters enthält:

median_filter()
uniform_filter()
maximum_filter()
percentile_filter()

ndi.median_filter(im, size=10)

fuß-median

Gauß-Filterung

Gauß-Verteilung in 1 Dimension Gauß-Verteilung 1D

ndi.gaussian_filter(im, sigma=5)

Weichzeichnung bei sigma = 5

Gauß-Verteilung in 2 Dimensionen Von Kghose in der englischsprachigen Wikipedia, CC BY-SA 3.0, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=2550031

ndi.gaussian_filter(im, sigma=10)

Weichzeichnung bei sigma = 10

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