Morphologie messen

Biomedizinische Bildanalyse mit Python

Stephen Bailey

Instructor

Morphologie

Von Keating, Steven. (2014) - Keating, Steven. (2014). MRI-Schädel-Schnitte eines Astrozytom-Patienten 2007 und 2014. Zenodo. doi:10.5281/zenodo.16852, CC0, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=39593095

Räumliche Ausdehnung

Räumliche Ausdehnung ergibt sich aus:

Raum pro Element
Anzahl der Array-Elemente

herz-3d-bild

# Volumen pro Voxel berechnen
d0, d1, d2 = vol.meta['sampling']
dvoxel = d0 * d1 * d2

# Voxel des Labels zählen
nvoxels=ndi.sum(1, label, index=1)

# Volumen des Labels berechnen
volume = nvoxels * dvoxel
volume

Distanztransformation

distanz-overlay-auf-original

Euklidische Distanz

# Maske des linken Ventrikels erstellen
mask=np.where(labels == 1, 1, 0)
# In Voxel-Einheiten
d=ndi.distance_transform_edt(mask)

d.max()

12.3847

# In räumlichen Einheiten
d=ndi.distance_transform_edt(mask,
    sampling=vol.meta['sampling'])
d.max()

5.8038

Schwerpunkt

com=ndi.center_of_mass(vol,
                       labels, 
                       index=1)

com

(5.5235, 128.0590, 128.0993)

plt.imshow(vol[5], cmap='gray')
plt.scatter(com[2], com[1])
plt.show()

schwerpunkt

Lass uns üben!

Biomedizinische Bildanalyse mit Python