Messen in der Zeit

Biomedizinische Bildanalyse mit Python

Stephen Bailey

Instructor

Auswurffraktion

$$ Ejection\ Fraction = \frac{LV_{max} - LV_{min}}{LV_{max}} $$

Herzschlag

Auswurffraktion

Vorgehen

Linken Ventrikel segmentieren
Für jedes 3D-Volumen der Zeitreihe Volumen berechnen
Minimum und Maximum wählen
Auswurffraktion berechnen

Volumen für jeden Zeitpunkt berechnen

# Stored in (t,z,x,y) format
vol_ts.shape
labels.shape

(20, 12, 256, 256)
(20, 12, 256, 256)

Zeitreihen-Plot

# Calculate voxel volume in mm^3
d0,d1,d2,d3=vol_ts.meta['sampling']
dvoxel = d1 * d2 * d3

# Instantiate empty list
ts = np.zeros(20)

# Loop through volume time series
for t in range(20):

    nvoxels=ndi.sum(1,
                    labels[t], 
                    index=1)

    ts[t] = nvoxels * dvoxel

plt.plot(ts)
plt.show()

Auswurffraktion berechnen

min_vol = ts.min()
max_vol = ts.max()

ejec_frac = (max_vol - min_vol) / max_vol

ejec_frac

0.58672

Maximum-Minimum nebeneinander

Lass uns üben!

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