Dados de imagem

Análise de Imagens Biomédicas em Python

Stephen Bailey

Instructor

Imagem biomédica: mais de um século de descobertas

$$1895$$

Por Wilhelm Röntgen. - [1], Domínio público, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=5059748

$$2017$$

Por Mikael Häggström - Obra própria, CC0, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=61722886

Análise de Imagens Biomédicas em Python

Objetivos do curso

Fluxo de imagens

Ferramentas

  • ImageIO
  • NumPy
  • SciPy
  • matplotlib
Análise de Imagens Biomédicas em Python

Carregando imagens

  • imageio: ler e salvar imagens
  • Objetos Image são arrays NumPy.
import imageio.v2 as imageio
im = imageio.imread('body-001.dcm')

type(im)

imageio.core.Image

im

Image([[125, 135, ..., 110],
       [100, 130, ..., 100],
        ...,
       [100, 150, ..., 100]], 
          dtype=uint8)
Análise de Imagens Biomédicas em Python

Carregando imagens

  • Fatie o array especificando valores em cada dimensão disponível.
im[0, 0]

125

im[0:2, 0:2]

Image([[125, 135],
       [100, 130]], 
       dtype=uint8)
Análise de Imagens Biomédicas em Python

Metadados

  • Metadados: o quem, o quê, quando, onde e como da aquisição da imagem

  • Acessíveis em objetos Image pelo atributo dicionário meta

im.meta

im.meta['Modality']

im.meta.keys()

Dict([('StudyDate', '2017-01-01'),
      ('Modality', 'MR'),
      ('PatientSex', F),
      ...
      ('shape', (256, 256)])

'MR'

odict_keys(['StudyDate', 
            'SeriesDate', 
            'PatientSex',
             ...
             'shape'])
Análise de Imagens Biomédicas em Python

Plotando imagens

  • A função imshow() do Matplotlib exibe dados de imagem 2D

  • Muitos colormaps disponíveis, mas geralmente em tons de cinza (cmap='gray')

  • Marcas e rótulos dos eixos geralmente não ajudam em imagens

import matplotlib.pyplot as plt

plt.imshow(im, cmap='gray')

plt.axis('off')

plt.show()

fatia-coronal

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Vamos praticar!

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