Medindo morfologia

Análise de Imagens Biomédicas em Python

Stephen Bailey

Instructor

Morfologia

Por Keating, Steven. (2014) - Keating, Steven. (2014). Fatias cranianas de ressonância magnética de paciente com astrocitoma em 2007 e 2014. Zenodo. doi:10.5281/zenodo.16852, CC0, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=39593095

Extensão espacial

Extensão espacial é o produto de:

Espaço ocupado por cada elemento
Número de elementos da matriz

imagem-3d-do-coração

# Calcular volume por voxel
d0, d1, d2 = vol.meta['sampling']
dvoxel = d0 * d1 * d2

# Contar voxels do rótulo
nvoxels=ndi.sum(1, label, index=1)

# Calcular volume do rótulo
volume = nvoxels * dvoxel
volume

Transformada de distância

sobreposição-de-distância-no-original

Distância euclidiana

# Criar uma máscara do ventrículo esquerdo
mask=np.where(labels == 1, 1, 0)
# Em termos de voxels
d=ndi.distance_transform_edt(mask)

d.max()

12.3847

# Em termos de espaço
d=ndi.distance_transform_edt(mask,
    sampling=vol.meta['sampling'])
d.max()

5.8038

Centro de massa

com=ndi.center_of_mass(vol,
                       labels, 
                       index=1)

com

(5.5235, 128.0590, 128.0993)

plt.imshow(vol[5], cmap='gray')
plt.scatter(com[2], com[1])
plt.show()

centro-de-massa

Vamos praticar!

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