Máscaras

Análise de Imagens Biomédicas em Python

Stephen Bailey

Instructor

Imagem bruta

Cérebro completo

Máscara da imagem

Máscara

Criando máscaras

Operações lógicas geram True / False em cada pixel

mat = np.array([[1, 2, 3],
                [4, 5, 6],
                [7, 8, 9]])

mat > 5

np.array([[False, False, False],
          [False, False, True ],
          [True,  True,  True ]])

Operações de exemplo

hist=ndi.histogram(im, 0, 255, 256)

mask1 = im > 32

histograma do pé

máscara do pé 1

mask2 = im > 64

mask3 = mask1 & ~mask2

máscara do pé 2

máscara do pé 1 e 2

np.where(condition, x, y) controla quais dados passam pela máscara.

import numpy as np

im_bone = np.where(im > 64, im, 0)

plt.imshow(im_bone, cmap='gray')
plt.axis('off')
plt.show()

imagem sem as partes não ósseas

m = np.where(im > 64, 1, 0)

máscara do pé 1

ndi.binary_dilation(m,iterations=5)

dilatação binária da máscara do pé

ndi.binary_erosion(m,iterations=5)

erosão binária da máscara do pé

Análise de Imagens Biomédicas em Python