Log-rank testi

Python ile Survival Analysis

Shae Wang

Senior Data Scientist

Hipotez testi

İstatistiksel çıkarım yöntemi
Sıfır hipotezi $H_0$: ör. California ve Nevada sakinlerinin ortalama geliri aynıdır.
Alternatif hipotez $H_1$: ör. California ve Nevada sakinlerinin ortalama geliri farklıdır.
P-değeri: sıfır hipotezi doğruysa bu verilerin görülme olasılığı nedir?

Hipotez testi karikatürü.

Log-rank hipotez testi

Her zaman noktasında gruplar arası sağkalım olasılıklarını $S_i$ karşılaştırır

$H_0$: $S_A(t)=S_B(t)$

$H_1$: $S_A(t)\neq S_B(t)$

P-değeri: $S_A(t)=S_B(t)$ ise verimizin olasılığı nedir?

Birden çok sağkalım eğrisi Yanyana birden çok sağkalım eğrisi.

Log-rank testini çalıştırma

from lifelines.statistics import logrank_test

logrank_test(durations_A, durations_B, event_observed_A, event_observed_B)

.print_summary()
.p_value
.test_statistic

Log-rank testi örneği

Program, bebeklerin konuşmaya başlama zamanını değiştiriyor mu?

t.head(2)

    id  duration  observed
0    1        12         0
1    4         6         1

c.head(2)

    id  duration  observed
0    0        11         1
1    2        14         0

lrt = logrank_test(
    durations_A = t['duration'], 
    durations_B = c['duration'], 
    event_observed_A = t['observed'],
    event_observed_B = c['observed'])

lrt.print_summary()

<lifelines.StatisticalResult: logrank_test>
 null_distribution = chi squared
degrees_of_freedom = 1
         test_name = logrank_test
 test_statistic    p  -log2(p)
           0.09 0.77      0.38

Aklınızda bulunsun...

Log-rank testi parametrik olmayan bir hipotez testidir
lifelines kullanırken veriler sağ sansürlü olmalıdır (ör. denek 3)
Sansür bilgilendirici olmamalıdır
$n>2$ grup için şunları kullanın: pairwise_logrank_test() veya multivariate_logrank_test()

Sansür karikatürü.

Haydi pratik yapalım!

Python ile Survival Analysis