Inspect the results

R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi

John Blischak

Instructor

Inspect the results

# Create a Venn diagram
vennDiagram(results)

R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi

Histograms of p-values

  • limma function topTable

  • Specify contrast

    • coef = "dox_wt"
    • coef = "dox_top2b"
    • coef = "interaction"
hist(runif(10000))

R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi

Volcano plot

  • limma function volcanoplot

  • x-axis: log-fold change in expression between contrasted groups

  • y-axis: log odds of differential expression

  • Specify contrast, e.g. coef = "dox_wt"

R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi

Testing for KEGG enrichment

  • limma function kegga and topKEGG

  • Specify contrast, e.g. coef = "dox_wt"

  • Specify mouse species with species = "Mm"

    • Mm == Mus musculus
R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi

Let's practice!

R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi

Preparing Video For Download...