Netwerkvisualisatie

Introductie tot netwerkanalyse in Python

Eric Ma

Data Carpentry instructor and author of nxviz package

Irrationele vs. rationele visualisaties

Twee weergaven van grote grafen. In beide gevallen is de structuur rommelig, als een kluwen, waardoor interpretatie lastig is.

Netwerken visualiseren

Matrixplots
Boogplots
Circos-plots

Netwerken visualiseren

Matrixplots
Boogplots
Circos-plots

Matrixplot

Een 3×3-matrix met kolomnamen A, B en C en rijnamen ook A, B en C. Cellen zijn zwart waar de corresponderende knopen in de grafiek verbonden zijn. Ernaast een grafiek met drie knopen A, B en C. A en B zijn verbonden en A en C zijn verbonden, maar B en C niet direct.

Matrixplot

Dezelfde matrix en grafiek als eerder, maar nu is de diagonaal van de matrix grijs gearceerd.

Matrixplot

Dezelfde matrix en grafiek als eerder, maar nu zijn cellen (A, B) en (B, A) geel gearceerd. De rand tussen knopen A en B in de grafiek is ook geel.

Matrixplot

Dezelfde matrix en grafiek als eerder, maar nu zijn cellen (A, C) en (C, A) geel gearceerd. De rand tussen knopen A en C in de grafiek is ook geel.

Gerichte matrices

ch1-3.012.png

Netwerken visualiseren

Matrixplots
Boogplots
Circos-plots

Boogplot

Twee grafen met elk drie knopen. Beide hebben knopen A, B en C, en randen tussen A en B en tussen A en C. De eerste grafiek plaatst de knopen op een lijn en gebruikt gebogen randen. De tweede zet de knopen in een vlak en gebruikt rechte randen.

Netwerken visualiseren

Matrixplots
Boogplots
Circos-plots

Circos-plot

ch1-3.018.png

Circos-plot

Twee grafen met elk zes knopen. Links staan de knopen in een cirkel en zijn de randen boogvormig. Rechts liggen de knopen willekeurig en zijn de randen recht.

nxviz-API

import nxviz as nv
import matplotlib.pyplot as plt

ap = nv.arc(G)

plt.show()

Laten we oefenen!

Introductie tot netwerkanalyse in Python