Resampling en interpolatie

Biomedische beeldanalyse met Python

Stephen Bailey

Instructor

Resampling verandert de arrayvorm

verschillende-sampling

vol = imageio.volread('OAS1_0255', format='DICOM')
vol.shape

(256, 256, 256)

origineel-brein

vol_dn = ndi.zoom(vol, zoom=0.5)
vol_dn.shape

(128, 128, 128)

downsampled-brein

vol_up = ndi.zoom(vol, zoom=2)
vol_up.shape

(512, 512, 512)

origineel-brein

$$ Interpolatie\ in\ 1\ D $$

Interpolatie in 1D

$$ Interpolatie\ in\ 1\ D $$

Interpolatie in 1D nearest neighbor

"Naait" gridpunten aan elkaar om de ruimte ertussen te modelleren.
Nearest-neighbor: gebruikt de dichtstbijzijnde gemeten waarde.
- order = 0
B-spline-interpolatie: modelleert ruimte tussen punten met splinefuncties van een bepaalde orde.
- order ligt tussen 1 en 5

$$ Interpolatie\ in\ 1\ D $$

Interpolatie B-spline

im=np.arange(100).reshape([10,10])

Kleur oplopende speelgoedafbeelding

zm1=ndi.zoom(im, zoom=10, order=0)
zm2=ndi.zoom(im, zoom=10, order=2)
zm3=ndi.zoom(im, zoom=10, order=4)

Kleur oplopend meerdere ordes afbeelding

Biomedische beeldanalyse met Python