Maskers

Biomedische beeldanalyse met Python

Stephen Bailey

Instructor

Ruwe afbeelding

Volledige hersenafbeelding

Afbeeldingsmasker

Masker

Maskers maken

Logische operaties geven True / False per pixel

mat = np.array([[1, 2, 3],
                [4, 5, 6],
                [7, 8, 9]])

mat > 5

np.array([[False, False, False],
          [False, False, True ],
          [True,  True,  True ]])

Voorbeelden van bewerkingen

hist=ndi.histogram(im, 0, 255, 256)

mask1 = im > 32

voethistogram

voetmasker 1

mask2 = im > 64

mask3 = mask1 & ~mask2

voetmasker 2

voetmasker 1 en 2

np.where(condition, x, y) bepaalt welke data door het masker komt.

import numpy as np

im_bone = np.where(im > 64, im, 0)

plt.imshow(im_bone, cmap='gray')
plt.axis('off')
plt.show()

afbeelding met niet-bot verwijderd

m = np.where(im > 64, 1, 0)

voetmasker 1

ndi.binary_dilation(m,iterations=5)

voetmasker binaire dilatie

ndi.binary_erosion(m,iterations=5)

voetmasker binaire erosie

Biomedische beeldanalyse met Python