Poisson-regressie plotten

Generalized Linear Models in R

Richard Erickson

Instructor

Wanneer geom_smooth met Poisson gebruiken

Werkt het best met continue voorspellers
Bijv. dosis neemt toe en aantal kankercellen per cm$^2$
Anders: gebruik een boxplot of vergelijkbaar hulpmiddel

Studie: dosis vs. kankercellen

Simuleer data
Dosis-respons
- x: Dosis
- y: Aantal kankercellen per cm$^2$

Punten plotten

ggplot(data = dat, aes(x = dose, y = cells)) +
    geom_point()

ggplot met punten

Jitter-punten

ggplot(data = dat, aes(x = dose, y = cells)) +
   geom_jitter(width = 0.05, height = 0.05)

Voorbeeld van jitter-punten met ggplot2.

geom_smooth()

ggplot(data = dat, aes(x = dose, y = cells)) +
   geom_jitter(width = 0.05, height = 0.05)
   geom_smooth()

Voorbeeld van standaard geom_smooth() bovenop jitter-punten

GLM's met geom_smooth()

ggplot(data = dat, aes(x = dose, y = cells)) +
   geom_jitter(width = 0.05, height = 0.05)
   geom_smooth(method = 'glm')

Voorbeeld van GLM met geom_smooth() en standaard GLM, een LM

Poisson-GLM met geom_smooth()

ggplot(data = dat, aes(x = dose, y = cells)) +
   geom_jitter(width = 0.05, height = 0.05) +
   geom_smooth(method = 'glm', method.args = list(family = 'poisson'))

Voorbeeld van een Poisson-regressieplot

Stappen samengevat

Plot niet-overlappende punten
Voeg Poisson-trendlijn toe
Werk figuur af (hier niet gedaan)

Laten we oefenen!

Generalized Linear Models in R